Nació el 12 de noviembre de 1934 en el Hospital General de Cincinnati, Ohio, Estados Unidos. Hijo ilegítimo de una joven de 16 años, Kathleer Maddox. Poco después de su nacimiento, su madre se casó con un obrero llamado William Manson, que le dio su apellido. Sin padre conocido, en algunos documentos oficiales se hace mención a un tal "Coronel Scott" como su progenitor debido a que su madre había convivido con un hombre de ese nombre. Su madre dijo que ese hombre era el padre y presentó una demanda judicial de paternidad contra él.
Cumplió una condena de cinco años por robo y agresión. Hasta entonces había vivido con su tía, una fanática religiosa que veía el pecado en cualquier forma de placer. Pasó la mayor parte de su juventud en reformatorios. Además fue acusado de robos, una violación homosexual a un compañero, agresiones y realizó varias fugas. En 1955 contrae matrimonio con Jean Willis, enfermera de diecisiete años. De ella tendría su primer hijo. En 1958 se divorcian y un año más tarde se casaría con la prostituta Candy "Leona" Stevens, para evitar que pudiera declarar contra él en un juicio. De ese matrimonio nace Charles Luther Manson, su segundo hijo conocido.
Comienza su formación esotérica. Lee sobre budismo y orientalismo. Es miembro, según él, de la Iglesia de la Cienciología y comienza a utilizar conceptos como Karma, Reencarnación... que le serían fundamentales a la hora de presentar su particular Apocalipsis: El Helter Skelter. Fue encarcelado y condenado a tres años de prisión por transportar vehículos robados a México. Cumplida su condena fue arrestado por trata de blancas, después por falsificar cheques, por lo cual fue condenado a diez años de cárcel. La prisión lo convirtió en un morboso de diminuta figura, capaz de manipular a las personas.
Se traslada a San Francisco, California, donde formó una comuna con mujeres y hombres obedientes. Su vida transcurría en dormir con más de tres de sus seguidoras y enseñar actos de Satán prometiéndolas a cada una de ellas un hijo como premio por su lealtad. Sostenía que había que matar a todos los negros, pero no sin antes matar a algunas figuras blancas importantes por haber permitido que los negros se relacionaran con blancos. Durante sus años de prisión, Manson fue violado por afroamericanos.
En marzo de 1969, decidió entrar con su ''familia'' en una casa de Malibú donde había personas que parecían estrellas de cine. No sabían quienes eran. Adentro estaban la actriz Sharon Tate, con 8 meses de embarazo y esposa del director de cineRoman Polansky, famoso por sus películas de terror. También el escritor Polaco Voyteck Frykowski, el estilista Jay Sebring y una amiga de la actriz. Manson envió a sus seguidores con una cuerda, un cuchillo y un revólver calibre 22, ordenándoles su muerte. Entraron y amarraron a todos diciéndoles que sólo iban a robar. El escritor intentó escapar y le dispararon seis veces en la cara. Las jóvenes se encargaron de acabar con el estilista con 16 puñaladas. A la amiga de la actriz la amarraron a uno de los cadáveres y luego la asesinaron con cuatro tiros y varias puñaladas. La actriz pidió piedad por su embarazo, recibió 51 puñaladas. Al terminar, tendieron una bandera americana en el sofá de la casa y con la sangre de la actriz escribieron la palabra cerdo. Se cambiaron de ropa y se fueron. En cuestión de horas los asesinos estaban identificados y más adelante apresados.
La sentencia a muerte de Charles Manson y sus seguidores fue automáticamente conmutada a cadena perpetua cuando en 1972 la Corte Suprema de California eliminó temporalmente la pena de muerte en el estado. El restablecimiento de la pena capital en California no afectó a Manson, quien se encuentra encarcelado en la prisión estatal de Corcoran, una cárcel de máxima seguridad. Afirma ser un elegido y en ningún momento se ha arrepentido de sus crímenes.
El 17 de noviembre de 2014, se anunció que Manson había obtenido licencia de matrimonio para casarse con Afton Elaine Burton, de 26 años, que llevaba visitándole durante nueve años, y que mantiene la inocencia de Manson en varios sitios web.
Como se hiso famoso ??? El cruel asesino que se hizo famoso en 1969, cuando su secta aniquiló de dieciséis puñaladas a la mujer del cineasta Roman Polanski, quien se encontraba embarazada de ocho meses. Afton Elaine Burton, se hizo fanática Manson a causa de este hecho y ahora quiere casarse con él.